Журнал «Микробиология» публикует экспериментальные и теоретические статьи по широкому кругу вопросов общей и прикладной микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. Издание размещает краткие сообщения и обзоры современных достижений в различных областях микробиологии, рецензии на новые книги, хронику научной жизни микробиологического сообщества.