Основан в 1975 г. академиком Ю.А. Овчинниковым. Журнал «Биоорганическая химия» публикует статьи, посвященные исследованиям в области биоорганической химии, биохимии, молекулярной и клеточной биологии. Издание освещает вопросы геномики, протеомики, биоинформатики, иммунологии, молекулярной вирусологии, молекулярной эволюции и молекулярной биологии развития. Является рецензируемым и входит в Перечень ВАК. C 2000 г. журнал «Биоорганическая химия» включен в международные базы данных Chemical Abstracts, Science Citation Index, Current Contents/LifeSciences, Reaction Citation Index, Biochemistry and Biophysics Citation Index, Science Citation Index Expanded, Chemistry Citation Index, ISI Alerting Services, MEDLINE, EMBASE (Excerpta Medica), AGRICOLA и др.