Издается под руководством Отделения наук о Земле РАН, рецензируемый, включен в перечень ВАК. В журнале публикуются результаты научных исследований по следующим направлениям: фундаментальные основы гидрофизики; динамика и гидродинамика морских объектов; физические поля морских объектов, океана, атмосферы и их взаимодействие; методы и средства регистрации гидрофизических полей океана и морских объектов; информационные технологии в задачах гидрофизики, проектирования и эксплуатации морских объектов; экология гидросферы; гидробионика. Журнал «Фундаментальная и прикладная гидрофизика» ориентирован на научных работников, инженеров и проектантов морской техники, студентов, аспирантов и преподавателей вузов, специализирующихся в области фундаментальной и прикладной гидрофизики.